Par COVID vīrusu notekūdeņos.
Fragmentu lielums atšķiras atkarībā no vairākiem faktoriem, tostarp konkrētajiem fragmentiem un to noārdīšanās stāvokļa. Parasti SARS-CoV-2 RNS fragmenti ir diezgan mazi.
RNS garums: SARS-CoV-2 pilns genoms ir aptuveni 29,9 kilobāzes (kb) jeb aptuveni 30 000 nukleotīdu garš.
Notekūdeņos vīrusa RNS fragmentu izmēri var svārstīties no dažiem simtiem līdz vairākiem tūkstošiem nukleotīdu. Parasti monitoringa nolūkos notekūdeņos konstatētie fragmenti ir aptuveni 200–300 nukleotīdu gari, jo īsāki fragmenti ir stabilāki un vieglāk nosakāmi, izmantojot PCR metodes.
Veselas vīrusa daļiņas, paša SARS-CoV-2 vīrusa diametrs ir aptuveni 60–140 nanometri. Tomēr notekūdeņos neskartas vīrusu daļiņas tiek atklātas retāk, salīdzinot ar RNS fragmentiem. SARS-CoV-2 RNS genoms ir aptuveni 30 000 nukleotīdu garš, notekūdeņos atrastie fragmenti parasti ir simtiem nukleotīdu diapazonā.
Laboratorijā arī ir iespējams izveidot RNS fragmentus, kas atdarina notekūdeņos atrodamos fragmentus.
RNS fragmentus var sintezēt, izmantojot in vitro transkripciju, kur RNS polimerāze izmanto DNS veidni, lai iegūtu RNS. RNS fragmentu ģenerēšanai var izmantot sintētiskās DNS sekvences, kas atbilst specifiskiem SARS-CoV-2 genoma reģioniem.

















Ķīmiskā sintēze: īsākus RNS fragmentus, parasti līdz 100 nukleotīdiem, var ķīmiski sintezēt. Šī metode ir piemērota precīzu un specifisku RNS sekvenču izveidošanai.
Reversās transkripcijas PCR (RT-PCR): SARS-CoV-2 vīrusa RNS var tikt reversi transkribēts komplementārā DNS (cDNS), ko pēc tam var pastiprināt, izmantojot PCR. Pastiprināto cDNS var klonēt vektoros, lai iegūtu lielu daudzumu specifisku RNS fragmentu.
CRISPR-Cas sistēmas: CRISPR-Cas sistēmas var izmantot, lai šķeltu RNS noteiktās vietās, radot vēlamā garuma fragmentus.
Enzīmu izmantošana:
Nukleāzes apstrāde: RNS var fermentatīvi sagremot, izmantojot tādas nukleāzes kā RNāze A vai RNāze III, lai iegūtu fragmentus. Šo pieeju var kontrolēt, lai radītu dažāda garuma fragmentus, pielāgojot apstrādes apstākļus.
Sadrumstalošana ar fizikālām metodēm: Apstrāde ar ultraskaņu vai izsmidzināšana, var sadalīt RNS fragmentos. Šīs metodes var precīzi pielāgot, lai iegūtu noteikta izmēra diapazona fragmentus.
Sintētisko RNS bibliotēku izmantošana:
RNS oligonukleotīdu bibliotēkas: var izveidot sintētisko RNS oligonukleotīdu bibliotēkas, kas aptver dažādus SARS-CoV-2 genoma reģionus. Šīs bibliotēkas var izmantot, lai ražotu virkni RNS fragmentu pētniecības vai diagnostikas nolūkos.
Šos laboratorijā ģenerētos RNS fragmentus var izmantot dažādos lietojumos:
Diagnostikas testi: sintētiskie RNS fragmenti var kalpot kā standarti vai kontroles RT-PCR testos SARS-CoV-2 noteikšanai.
Tos var izmantot pētījumos, lai pētītu vīrusu RNS stabilitāti, degradāciju un noteikšanas metodes.
Tie nodrošina materiālus laboratorijas personāla apmācībai un diagnostikas iekārtu kalibrēšanai.
Sos fragmentus var izmantot, lai apstiprinātu un uzlabotu notekūdeņu uzraudzības metodes SARS-CoV-2 uzraudzībai.
Izmantojot šīs metodes, zinātnieki var izveidot RNS fragmentus, kas ļoti līdzinās notekūdeņos atrodamajiem, veicinot diagnostiku, vides monitoringu un pētījumus saistībā ar Covid-19 un citiem vīrusu patogēniem.